مشاهدات او (زملوایس) در آن زمان (اواسط قرن نوزده) با نظریات و باورهای پزشکی همخوان نداشت و توسط جامعه پزشکی مورد پذیرش قرار نگرفت . و این همه،سال‌ها پیش از آن بود که لوئی پاستور تئوری خود را درباره نقش موجودات ریز میکروسکوپی در انتقال بیماری‌ها را ارائه دهد

زملوایس در سال‌های پایانی عمر دچار افسردگی و تغییرات رفتاری گردید. او را به آسایشگاه بیماران روانی سپردند و چهارده روز بعد در اثر ضرب‌وشتم توسط نگهبانان آسایشگاه درگذشت .